Cytomine Community Edition est un logiciel libre permettant la visualisation, le partage et l’analyse collaborative de grandes images biomédicales telles que celles utilisées en pathologie digitale.

Cytomine est une plateforme web qui peut être installée en local ou sur des serveurs distants, selon les besoins des équipes de recherche. Les utilisateurs n’ont besoin que d’un navigateur pour exploiter pleinement le logiciel.

Un des intérêts majeurs de Cytomine dans le cadre de la recherche en IA est sa flexibilité : grâce à une API adaptée à l’IA, et des librairies python et java adaptées, il est possible d’y associer et d’exécuter des algorithmes externes, qui peuvent au besoin être partagés entre plusieurs équipes.

De plus, Cytomine Community Edition est également utilisée comme microscope virtuel en enseignement de l’histologie et de la pathologie, mais également de la biologie animale et végétale, de la minéralogie, et pourrait être utilisée avec tout autre type d’image 2D planaire (histoire de l’art, images de la terre vue du ciel, etc).